SuomeksiNaturen på Limön präglas av den kalkrika jorden. Kalkstensbrytning har skett i liten skala på Limön fram till slutet av 1800-talet. I barrskogen finns det gott om växter som trivs i den kalkrika marken, till exempel sårläka, vårärt och olika arter av orkidéer.
Limön är ett kommunalt naturreservat och stora delar ingår i det Europeiska nätverket Natura 2000. Se information om naturreservatet på Länsstyrelsen Gävleborgs hemsida.
I skogen kan man få syn på, och framförallt höra, småfåglar och hackspettar. Däggdjur finns det färre av, men rådjur och grävling hör till de bofasta invånarna i skogen och någon gång ibland simmar det över en älg på tillfälligt besök från fastlandet.
På Kalkudden, där de flesta besökare till Limön stiger i land, och runt caféet finns ovanligt artrika ängsmarker. Där finns växter som vanligtvis inte trivs så här långt norrut. De drar nytta av den kalkrika jordmånen, det milda kustklimatet och att markerna fortfarande sköts med slåtter.
Strandområdena är viktiga för många fågelarter som till exempel vitkindad gås, skedand, strandskata, drillsnäppa och rödbena. Särskilt betydelsefullt för fågellivet är holmarna och grunden som omger Limön. Där bildar fisk- och silvertärnor stora kolonier på våren när de kommer från avlägsna övervintringsområden. Silvertärnan är den fågel som flyttar längst av alla och lämnar Antarktis till förmån för Limön på våren, en flygtur på mer än 15 000 kilometer. Andra fågelarter, som vigg, snatterand och småskrake, häckar gärna mitt bland tärnorna och drar nytta av deras förmåga att vakta boplatsen från rovdjur.
Runt hela Limön finns grunda vatten med en blandning av arter som trivs i söt- eller brackvatten. I de mer skyddade områdena mellan öarna bildas ängar under vattenytan av grönalger, kransalger och undervattensväxter. Många kräftdjur, snäckor, fiskar och fåglar har sin boplats eller födosöksområde här.